寶可夢水晶版中玩家要成為一位神奇寶貝訓練師到各地冒險。先從博士手中獲取初始神奇寶貝，有菊草葉、火球鼠、小鋸鱷可供挑選，過程中以神奇寶貝為重心，透過戰鬥不斷提升自己的等級與能力，其中當然少不了收服寶貝這個過程。遊戲新增了雷公、炎帝和水君這三種傳說中的寶可夢，喜歡寶可夢的玩家們趕快進入遊戲展開冒險之旅吧！

旅途中要帶領主角前往道館，透過對戰取得八枚徽章獲取和四天王挑戰的資格，當擊敗四天王和冠軍後，玩家可以到「紅·綠」版的舞臺進行冒險，擊倒關都地區的道館後，玩家可以進入白銀山，與小智展開遊戲中最艱難的一場對決。而遊戲最大的樂趣是收集、捕捉各種各樣可愛的寶可夢，完成神奇寶貝圖鑒。玩家們快進入遊戲成為名副其實的神奇寶貝大師吧！

遊戲操作：以鍵盤方向鍵 ↑↓←→ 控制移動，Z 鍵確認，X 鍵否定，空白鍵騎腳踏車(要先獲取)，Enter 鍵功能選單，D 鍵左邊 Alt，X 鍵左邊 Alt。